V roce 1951 byl obviněn z protistátní činnosti, neprávem odsouzen a vězněn. Po pěti letech byl propuštěn, ale pracovat mohl pouze jako stavební dělník. Po deseti letech byl rehabilitován Při příležitosti svých 70. narozenin byl Josef Knap vyznamenán jako třetí občan naší republiky nejvyšším norským řádem sv. Olava za své zásluhy o severské literatury. Téměř současně však v roce 1970, v době počínající normalizace, byl ve své vlasti opět dán úřady do klatby a zařadil se znovu mezi autory politicky zapovězené.

Kromě vesnické prózy psal i práce literárně kritické a o divadle. V roce 1970 napsal povídkovou knihu psychologicky laděnou Čas kopřiv (1. vydání šlo do stoupy, 2. vydání 1993), v roce 1997 vyšla jeho vzpomínková kniha Bez poslední kapitoly, psaná v posledních letech jeho života. Autor tu poutavě líčí život v rodné vesnici, osudy členů své rodiny i sourozenců na počátku století s láskou i úctou k rodinným tradicím, k životu prostých vesnických lidí naplněnému těžkou prací i vírou. Ožívá tu i celý kraj Jičínska doby jeho mládí.

Sbírky povídek

• Píseň na samotě (1924) - povídková kniha
• Zaváté šlépěje (1929-1940) - povídková kniha
• Žloutnou stráně (1929)
• Polní kytice (1935) - povídková kniha
• Trojlístek (1943) - kniha zaměřená na mladší čtenáře, obsahující 3 povídky
• Čas kopřiv (1970) - povídkový soubor vydaný k autorovým 70. narozeninám, část nákladu byla zabavena

Romány

• Ztracené jaro (1922)
• Réva na zdi (1926) - román s tématem selství; sedlák Kašpar je na syna Josefa tvrdý, jedná s ním hůř než s čeledínem; Josef se zamiluje a ožení, otec jej nechá bydlet na statku, ale odveze si všechen majetek a syn tak musí začít od píky
• Muži a hory (1928) - román z prostředí slovenského Liptova, o životě domorodých pastevců
• Vysoké jarní nebe (1932) - román s tématem krize mladého manželství
• Cizinec (1934) - tragický příběh hospodáře-ztroskotance
• Puszta (1937) - román z prostředí české kolonizace v jižní části Podkarpatské Rusi
• Dívčí hlas (1938) - úředník se dostává do těžké situace, když se po rozvodu stará o svoji dcerku.
• Věno (1944) - román v podkrkonošské vesnice
• Dokud vane vítr (1968) - budoucí herečka jede přes otcův zákaz do Prahy, aby viděla položení základního kamene Národního divadla.
• Vzdálená země (1969) - příběhem o promarněném životě; hrdinou je vesnický lékař, který ve válce ztratí přítele; až díky tomu si uvědomuje, jak důležitá pro něj musí být jeho dcera dceři.
• Bez poslední kapitoly (1997) - vzpomínková kniha

Odborné práce o divadle

• Hilbert (1926)
• Zöllnerové: Dějiny divadelního rodu (1958)
• Umělcové na pouti: České divadelní společnosti v 19. století (1961)
• Čtyři herečky: Spurná, Vojtová, Brzková, Beníšková (1967)

Literárně-historické práce

• Alej srdcí (1920) - debutová kniha esejů věnovaných českému poválečnému básnictví
• Úvod do krásné literatury (1924)
• Cesty a vůdcové: k literatuře let dvacátých (1926)
• Básníci selství (1932)
• Fráňa Šrámek (1937)
• Literatura české půdy (1939)
• Selma Lagerlöf (1949) - studie o této významné švédské autorce

Básnické sbírky

• Neznámému bohu (1929)
• Zaslechnutý hlas (1997) - verše z vězení